故事發生在東京八丈島近海，名偵這裡建成瞭一座連接瞭全球各地警方監控攝像的探柯鐵海洋設施“太平洋浮標”。在這座設施正式啟動之前，南黑為瞭與歐洲刑警組織管轄的魚影范圍聯網，世界各國的名偵IT工程師來到現場。而與此同時，探柯鐵一項應用瞭人臉識別系統的南黑“新技術”的測試也在進行中…… 另一方面，柯南和少年偵探團在園子的魚影招待下來到八丈島賞鯨。此時，名偵柯南接到來自沖矢昂（赤井秀一）的探柯鐵電話，被告知歐洲刑警組織的南黑成員在德國遭到琴酒的殺害。為調查真相，魚影柯南偷偷混進瞭前往“太平洋浮標”進行警備工作的名偵黑田兵衛等警視廳人員乘坐的警備艇中，進入設施內部。探柯鐵之後，南黑在為系統啟動而穩步展開準備工作的設施內，發生瞭案件——一名女性工程遭到黑衣組織的綁架，而她手中裝有某些情報的U盤也落到瞭黑衣組織的手裡。 海中傳來令人毛骨悚然的螺旋槳聲。而此時身在八丈島的灰原哀身邊，也正有黑影在悄悄靠近……
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