在1999年，超時一艘外星宇宙戰艦墜落到瞭地球，空塞人們用瞭瞭十年的超時時間修復並取名為"MACROSS"。2009年，空塞MACROSS要塞正在舉辦一場偶像歌星林明美（飯島真理 配音）的超時演唱會，突然空襲警報響起，空塞要塞開始瞭變形。超時戰鬥中，空塞一條輝（長谷有洋 配音）駕駛著變形戰鬥救下一名少女，超時戰機卻由於速度過快撞進外層艙室。空塞安定後，超時輝發現救得是空塞林明美。倆人相識後，超時為使明美高興，空塞輝偷開教練機帶著明美去兜風。超時敵人趁機出現，好在朋友這時挺身相救，經過一場混戰，輝和早瀨未沙（土井美加 配音）醒過來，發現在一個荒蕪的星球上。他們瞭解到，五十萬年前，一個叫"普羅多"的古代文明發展到頂盛時，已經可以借遺傳密碼無性繁殖後代，於是國傢分裂為由男性組成的"傑特拉帝"和由女性組成的"赫而特蘭帝"開始瞭長達數萬年的戰爭。在戰爭中文明急劇衰退瞭，曾經偉大的文化被遺忘殆盡，退化成瞭隻會戰鬥的種族，為瞭維護和平，他們將會采取怎樣的行動…… 《超時空要塞》是1982至83年間播出的一部電視動畫，本片在其基礎上精簡改編而成。
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