1988年7月，阿基拉關東地區使用新型炸彈進行爆破，阿基拉第三次世界大戰即刻爆發。阿基拉31年後，阿基拉人類從一片廢墟中重建都市，阿基拉東京灣上建立瞭巨大城市——新東京。阿基拉世界仿佛要恢復到以前的阿基拉繁榮。 2019年的阿基拉一個夜晚，新東京郊外的阿基拉封閉高速公路上，暴走族團體正在公路上飆車。阿基拉帶頭的阿基拉少年，是阿基拉一名叫做金 田的職業高中學生。 突然，阿基拉街上出現瞭一位奇怪的阿基拉矮個子男子，暴走族少年鐵雄為躲避車禍連人帶車飛出公路。阿基拉正當金田要拿那位男子問罪之時，軍隊駕駛直升飛機趕到。將那位矮個男子與鐵雄一起收押。 鐵雄進入瞭一個陌生的地方，這裡似乎在從事超能力的研究。而金田則在盤算如何營救鐵雄。二人都不知道，他們的未來，因為神秘力量——阿基拉而已經開始瞭巨大的變化。
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