夜神月設計除掉瞭女友和跟蹤自己的死亡FBI的探員，趁機混進瞭調查本部，筆記但是最後字，L對他的死亡懷疑並沒有結束，新一輪的筆記智力遊戲繼續進行。月和L的最後字頭腦對峙迎來瞭新的局面。借著“幫助ICPO逮捕Killer”的死亡理由，月潛入瞭調查本部。筆記這樣月就和對月虎視眈眈的最後字L直接面對面的交鋒瞭。但是死亡，發生瞭月預想以外的筆記事件，與死神硫克個性迥異的最後字另一位死神雷姆也把自己的死亡筆記丟在瞭地球上，被一位崇拜Killer的死亡小姑娘彌海砂撿到瞭。彌海砂主動和夜神月聯系，筆記答應協助他除掉L，最後字條件是讓月做自己的男朋友。彌海砂用自己一半的生命作代價取得瞭夜神月所沒有的特殊能力“死神之眼”，這個能力可以直接看到對方的時候就能知道對方的真名，是對付L的最強武器，所以月同意瞭和小姑娘合作。但是就在彌海砂寫下L的真名前，聰明的L先發制人，將彌海砂作為基拉嫌疑犯關進瞭Killer對策室，知道同伴被監禁後，月也提出瞭將自己監禁的要求，但是一切都是在月的計算之中。夜神月為瞭救彌海砂，想到瞭一個絕妙的辦法--放棄死亡筆記所有權。同時，因為制作煽動性的跟蹤報道“Killer”事件而風頭大勁的櫻花電視臺發生瞭一連出人意料的事情，主播高田清美追蹤Killer的過程中發現瞭不為人知的秘密，隨即第三名Killer出現瞭。兩個死神，兩本“死亡筆記”，三個Killer，一切撲朔迷離。死亡筆記的規則被公佈於眾，兩個天才的頭腦鬥智也在一個一個預想之外的事件中展開。
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